O jogador de 30 anos foi expulso por uma entrada na altura do joelho em Alejandro Garnacho no final da partida.
Como resultado, ele ficou furioso e deixou claro seus sentimentos ao árbitro Stuart Atwell.
Isso levou o funcionário e um de seus assistentes, Gavin Ward, a apresentar um relatório extraordinário do incidente em tempo integral.
Depois de avaliar o relatório, a FA decidiu agora acusar Stephens de má conduta.
Um comunicado dizia: “Jack Stephens foi suspenso por dois jogos e multa de £ 50.000 por má conduta durante a partida do Southampton na Premier League, no sábado, 14 de setembro, contra o Manchester United.
“O defesa admitiu que usou palavras abusivas e insultuosas tanto para com o árbitro como para o quarto árbitro por volta dos 79 minutos, depois de ter sido expulso.”
Stephens solicitou uma audiência pessoal para supervisionar seu caso.
Ele também admitiu ter usado linguagem abusiva e insultuosa contra os árbitros após ser expulso.
O defesa disse: “Estou bem ciente de que o que disse foi completamente inaceitável e abaixo do padrão de conduta que se espera de mim.
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“Estou muito envergonhado com o meu comportamento e quero pedir desculpas sinceramente por isso… sei a importância de aceitar a decisão do árbitro.
“Em vez disso, falei com ele dizendo algo que normalmente não diria. Em seguida, usei essa linguagem novamente com o Sr. Ward.
“Isso não é uma desculpa, mas foi no calor do momento… Peço sinceras desculpas ao Sr. Atwell e ao Sr. Ward.”
Stephens agora estará indisponível para os próximos jogos contra Arsenal e Leicester City.
A estrela do Southampton já cumpriu suspensão de três jogos pelo cartão vermelho inicial.
Ele perdeu jogos contra Ipswich Town, Everton e Bournemouth.